Flere nåværende og tidligere toppledere, samt selskapet som sådan, blir etterforsket for korrupsjon i Nigeria i 2011. Eni som foretak, dets tidligere konsernleder og det tidligere datterselskapet Saipem SpA er også tiltalt i Italia for grov korrupsjon i Algerie i 2010.
Les Etikkrådets anbefaling her.
Norges Bank besluttet 5 mai 2017 å be NBIM om å ta opp risikoen for korrupsjon med selskapet gjennom eierskapsutøvelse. Eni står således ikke på fondets observasjonsliste.